高水平大学建设办公室是负责学校高水平大学建设与管理的综合职能部门，主要职责如下：
1.负责制定学校“江苏高水平大学建设”重大专项计划的发展战略、建设方案和相关管理制度。
2.负责“江苏高水平大学建设”重大专项申报、建设、实施推进、管理等工作。
3.组织开展“江苏高水平大学建设高峰计划”年度报告、重大进展和标志性成果、中期自我评估和期满绩效评价等相关工作。
4.协助负责“江苏高水平大学建设高峰计划”专项经费的管理及监督使用工作。
5.组织开展高水平大学建设调研、专项研究及交流汇报工作，建设相关数据仓储。
6.完成上级部门和学校领导布置的其他工作，配合学校其他部门做好相关工作。