高等教育研究所是承担和组织学校高等教育科学研究、开展学校发展规划研究的组织机构，主要职责是推进高等教育理论研究、发展战略和改革实践，为学校发展服务。具体职责：
１.搜集整理高等教育研究信息，对国内外高等教育发展现状与趋势进行研究，开展学校发展战略研究，为学校发展、领导决策提供参考建议。
２.建立健全学校高等教育科学研究项目管理的相关制度，营造良好的高教研究制度环境。
３.负责组织上报全国教育科学规划、江苏省教育科学规划、江苏省教育厅和各专业协会、学会等各级各类教研课题，监督检查课题的完成情况。
4.负责组织学校教研项目立项、经费管理、验收及奖项申报等工作，推动成果转化。
5.提高教师的教研能力，建立教学和学术研究相结合，素质较高的研究队伍，在学校范围内形成浓厚的教育教学研究氛围。
6.加强与审计署科研所、教育研究机构、行业学会、其他高校高等教育研究所和高等教育研究专家的业务联系和学术交流。
7.做好学校高教研究文献资料的收集、整理、交流、借阅和教研课题相关材料统计、运用和归档工作。
8.完成学校各类专项工作中应承担的任务和工作，对内部业务建设、队伍建设及日常管理负有相应责任。
9.加强与审计署和各地审计机关的合作研究，推进审计国民教育和职业教育的深度融合。
10.完成学校和上级相关部门交办的其他工作。